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06280 - Computational Modelling in Epidemiology

by Jones Albuquerque — last modified 2010-03-18 06:36

Esta disciplina faz parte deste projeto de pesquisa http://www.xiscanoe.org, ficanciado pelo CNPq e em parceria com o CPqAM/FIOCRUZ (http://www.cpqam.fiocruz.br/). O objetivo principal desta oferta de disciplina é formar Capital Humano para participar e colaborar com o projeto.


TESTS and SCORES

NOTA 1V.A. (Prova individual-70% + trabalhos escolares-30%)
NOTA 2V.A. (Projeto em equipe (duplas)-60% + trabalhos escolares-40%)
NOTA FINAL (Prova oral com todo o conteúdo-100%)



PLANNING and Schedule


Class Planning (Plano de Ensino)
(Tue and Thu 14-16 pm, Lab1 CEGOE)

Syllabus

Slides, atividades executadas...

class
date
where
topic/slidesfor home
OBS
1
16.mar.10presencial
  1. motivação
  2. projeto xiscanoé
  3. MODELO SIR - Wikipedia

Estudar o jogo definido em GAME OF LIFE

  1. Exemplo de trabalho a ser produzido pela disciplina
  2. Fundamentos de Matemática
  3. Cadastre-se no Oro-Aro e se inscreva na Comunidade Xiscanoe - Modelagem Computacional aplicada a Epidemiologia
 
2
18.mar.10
presencial

  1. Computer Simulation
  2. onde tudo começou: A New Kind of Science (livro completo on-line)
  3. aplicações como tons para celular:  Wolfram Tones
  4. Integrals
  5. sobre Stephen Wolfram - Short Biography


  1. Introdução aos modelos de transmissão de doenças infecciosas - LNCC
  2. Escolher uma doença e modelá-la VIDE AQUI para entregar em 23.mat.10
  3. Implementar um Hello World no Google APP Engine

leitura de papers
  1. CELLULAR AUTOMATA by
    Franco Bagnoli
  2. EPIDEMIOLOGY THROUGH CELLULAR AUTOMATA by Hokky Situngkir
 
3
23.mar.10
presencial
NOTA 1: entregar e apresentar a modelagem escolhida VIDE AQUI
NOTA 2: entregar um hello world no Google APP Engine
Implementar um jogo da vida em python, usar Google APP Engine para 06.abr.10


25.mar.10
remoto
implementação



30.mar.10
remoto
implementação



01.abr.10

RECESSO



06.abr.10

NOTA 3: ENTREGA do Jogo da VIDA!

PROVA:
Jogo da Vida
Modelagem de doenças - modelos SIR
Artigos sobre Autômatos Celulares


4

presencial
  1. Caps 1 e 2 do Introdução a Epidemiologia by Elaine
  2. Elaine - Cap 3 do Introdução a Epidemiologia
  3. Epidemiology through cellular automata by JOA
  1. Juramento de Hipócrates
  2. Modelo matemático-epidemiológico do artigo "Epidemiology through cellular automata" encontra-se em Dynamics in a lattice epidemic model

5

Laboratório
Instalação do Mathematica

  1. Mathematica Tutorial - OFFICIAL
  2. A Brief Introduction to Mathematica
  3. Introduction to Mathematica

INSTALAÇÃO MATHEMATICA no LAB1 - cegoe



 



NÃO HAVERÁ AULA





NÃO HAVERÁ AULA

6

Laboratório
  1. DEFINIÇÃO DE PROJETOS
  2. SUBMISSÃO ERMAC 2009
VEJA AQUI os TUTORIAIS

NOTA 3 entregar o notebook mathematica com todos os exercícios do First Calculation
ENTREGA postar como uma história da comunidade de Modelagem Computacional no Oro-Aro até às 23h59´59´´ do dia 17.set.09 com título "First Calculations" e anexar arquivo.nb como pdf

NOTA 4  os exercícios 1.1 a 1.5 do Numerical Calculations e os exercícios 3.1 a 3.5 do Symbolic Calculations

ENTREGA postar como uma história da comunidade de Modelagem Computacional no Oro-Aro até às 23h59´59´´ do dia 24.set.09 com título "Numerical and Symbolic Calculations" e anexar arquivo.nb como pdf

7

Laboratório
preparação para SUBMISSÃO ERMAC 2009

8

REMOTO
preparação para SUBMISSÃO ERMAC 2009DEADLINE 20.set!!!

9

Laboratórioprática


10

REMOTO
prática


11

Laboratório
Modelagem

  1. GAME OF LIFE
  2. fundamentos de algoritmos
NOTA 5: implementar um jogo da vida em Mathematica
ENTREGA postar como uma história da comunidade de Modelagem Computacional no Oro-Aro até às 23h59´59´´ do dia 08.out.09 com título "gameOfLife.nb" e anexar arquivo.nb


 
12 e 14

 presencialTira-Dúvidas...

  
15

presencial
  • FECHAMENTO 1VA - teste prático Mathematica
  • preparativos das apresentações


16


  • AULA - Ronaldo, tema: Coleta de Dados Gratuitos para Geoprocessamento aplicado a Epidemiologia.
  • APRESENTAÇÕES de ARTIGOS ACEITOS NO ERMAC:
    • Genivaldo (LC/UFRPE)
    • Antônio Paulo (LM/UFRPE)
    • Rodolfo (MPES/CESAR)


17

UFPB
ERMAC 2009


18

UFPB
ERMAC 2009

19

presencial
Definição dos Projetos FINAIS e Artigo para REIC que compõem 2VA
  
20

cegoe
3 projetos:
1. Ronaldo - Desenvolvimento de um simulador para o Processo de Expansão da Esquistossomose utilizando Linguagem de Programação Multi-agente - Netlogo

2. Caio e Genivaldo - Escrita do artigo comparando os cenários construídos por Helen em sua Dissertação com os gerados pelo simulador

3. Roghi, Daniel, Ricardo, Sued e Bruno - Simulador 3D para processos biológicos (área a definir)

4. Zilmar, Análise Matemática de um sistema SIG para apoio ao projeto Xiscanoé

5. Antônio Paulo. Uso de programação paralela para implementação e execução de autômatos celulares


21

remototrabalho prático


22

remoto
trabalho prático


23

entrega remota por e-mail
1a. NOTA - Apresentação de Plano de Projeto.
(EXEMPLO DE PLANO DE PROJETO AQUI)
O que será apresentado nas Reuniões de STATUS REPORT até a 5a. NOTA! (vide calendário das aulas)

FORAM ENTREGUES OS PLANOS DE
1. Ronaldo
3. Roghi, Daniel, Ricardo, Sued e Bruno


24

CEGOE
2a. NOTA - apresentação de STATUS REPORT (30min/grupo)

25

remototrabalho prático


26

CEGOE
3a. NOTA - apresentação de STATUS REPORT (30min/grupo)

27

remoto
4a. NOTA - apresentação de 1a. VERSÃO DO PROJETO


28

remoto
trabalho prático

29

 CEGOE
5a. NOTA - TESTINHO

Como estruturar o artigo final no formato de submissão:
  1. REIC

 
  1. A Arte de Escrever Artigos Científicos
  2. How To Organize Your Thesis
  3. O processo criativo e a tessitura de projetos acadêmicos de pesquisa
  4. Orientação a Alunos do Projeto Xiscanoé
  5. Dicas para uma boa elaboração de  Referências bibliográficas:
(Como fazer uma pesquisa bibliográfica - 1)

(Como fazer uma pesquisa bibliográfica - 2)

(Como fazer referência bibliográfica?)

 
30


6a. NOTA - Apresentação de Projeto FINAL





7a. NOTA - Submissão de artigos para a REIC










PROVA FINALTODO O CONTEÚDO
  

Links e Material de Referência


Papers sobre Modelagem Computacional em Epidemiologia

Papers sobre Saúde Pública